MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 lp28-5

Total Repeats: 420

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017406	TCA	2	6	7	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826722
2	NC_017406	TAATA	2	10	53	62	60 %	40 %	0 %	0 %	387826722
3	NC_017406	CTTT	2	8	73	80	0 %	75 %	0 %	25 %	387826722
4	NC_017406	T	8	8	78	85	0 %	100 %	0 %	0 %	387826722
5	NC_017406	TGA	2	6	112	117	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826722
6	NC_017406	CAA	2	6	161	166	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826722
7	NC_017406	A	7	7	165	171	100 %	0 %	0 %	0 %	387826722
8	NC_017406	TCT	3	9	187	195	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826722
9	NC_017406	T	9	9	197	205	0 %	100 %	0 %	0 %	387826722
10	NC_017406	TTC	2	6	264	269	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826722
11	NC_017406	TCT	2	6	306	311	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826722
12	NC_017406	CT	3	6	321	326	0 %	50 %	0 %	50 %	387826722
13	NC_017406	TTCTT	2	10	327	336	0 %	80 %	0 %	20 %	387826722
14	NC_017406	CT	3	6	345	350	0 %	50 %	0 %	50 %	387826722
15	NC_017406	TTC	2	6	351	356	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826722
16	NC_017406	T	9	9	366	374	0 %	100 %	0 %	0 %	387826722
17	NC_017406	ATT	2	6	375	380	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826722
18	NC_017406	ATC	2	6	393	398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826722
19	NC_017406	CTA	2	6	416	421	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826722
20	NC_017406	ATTT	2	8	425	432	25 %	75 %	0 %	0 %	387826722
21	NC_017406	TCT	2	6	438	443	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826722
22	NC_017406	ATG	2	6	444	449	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826722
23	NC_017406	ATA	2	6	464	469	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826722
24	NC_017406	TAAT	2	8	470	477	50 %	50 %	0 %	0 %	387826722
25	NC_017406	A	6	6	484	489	100 %	0 %	0 %	0 %	387826722
26	NC_017406	TTAAA	2	10	491	500	60 %	40 %	0 %	0 %	387826722
27	NC_017406	AAT	2	6	522	527	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826722
28	NC_017406	T	7	7	537	543	0 %	100 %	0 %	0 %	387826722
29	NC_017406	A	7	7	544	550	100 %	0 %	0 %	0 %	387826722
30	NC_017406	A	6	6	1409	1414	100 %	0 %	0 %	0 %	387826723
31	NC_017406	AT	3	6	1431	1436	50 %	50 %	0 %	0 %	387826723
32	NC_017406	TA	4	8	1440	1447	50 %	50 %	0 %	0 %	387826723
33	NC_017406	ATT	2	6	1450	1455	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826723
34	NC_017406	T	6	6	1465	1470	0 %	100 %	0 %	0 %	387826723
35	NC_017406	CCA	2	6	1475	1480	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387826723
36	NC_017406	CAA	2	6	1495	1500	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826723
37	NC_017406	A	7	7	1526	1532	100 %	0 %	0 %	0 %	387826723
38	NC_017406	ATA	2	6	1557	1562	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826723
39	NC_017406	AG	3	6	1576	1581	50 %	0 %	50 %	0 %	387826723
40	NC_017406	TAA	2	6	1582	1587	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826723
41	NC_017406	AAATA	2	10	1621	1630	80 %	20 %	0 %	0 %	387826723
42	NC_017406	AAG	2	6	1632	1637	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826723
43	NC_017406	A	6	6	1705	1710	100 %	0 %	0 %	0 %	387826723
44	NC_017406	T	6	6	1761	1766	0 %	100 %	0 %	0 %	387826723
45	NC_017406	ATTCA	2	10	1772	1781	40 %	40 %	0 %	20 %	387826723
46	NC_017406	AAC	2	6	1823	1828	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826723
47	NC_017406	AAG	2	6	1845	1850	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826723
48	NC_017406	ATA	2	6	1865	1870	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826723
49	NC_017406	A	8	8	1896	1903	100 %	0 %	0 %	0 %	387826723
50	NC_017406	T	6	6	2019	2024	0 %	100 %	0 %	0 %	387826723
51	NC_017406	ATT	2	6	2061	2066	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826723
52	NC_017406	A	6	6	2081	2086	100 %	0 %	0 %	0 %	387826723
53	NC_017406	AAAC	2	8	2129	2136	75 %	0 %	0 %	25 %	387826723
54	NC_017406	TAA	2	6	2137	2142	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826723
55	NC_017406	TAA	2	6	2182	2187	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826723
56	NC_017406	ATTAA	2	10	2192	2201	60 %	40 %	0 %	0 %	387826723
57	NC_017406	AAT	2	6	2351	2356	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826724
58	NC_017406	ATT	2	6	2357	2362	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826724
59	NC_017406	CAA	2	6	2378	2383	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826724
60	NC_017406	TG	3	6	2406	2411	0 %	50 %	50 %	0 %	387826724
61	NC_017406	AAT	2	6	2419	2424	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826724
62	NC_017406	TTAA	2	8	2444	2451	50 %	50 %	0 %	0 %	387826724
63	NC_017406	GAA	2	6	2476	2481	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826724
64	NC_017406	GAA	3	9	2495	2503	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826724
65	NC_017406	A	7	7	2515	2521	100 %	0 %	0 %	0 %	387826724
66	NC_017406	AGA	2	6	2527	2532	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826724
67	NC_017406	A	9	9	2537	2545	100 %	0 %	0 %	0 %	387826724
68	NC_017406	ATAAAA	2	12	2580	2591	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	387826724
69	NC_017406	AGA	2	6	2594	2599	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826724
70	NC_017406	A	6	6	2624	2629	100 %	0 %	0 %	0 %	387826724
71	NC_017406	CTT	2	6	2926	2931	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826725
72	NC_017406	AAT	2	6	2933	2938	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826725
73	NC_017406	CTA	2	6	2951	2956	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826725
74	NC_017406	AT	3	6	2965	2970	50 %	50 %	0 %	0 %	387826725
75	NC_017406	T	6	6	2979	2984	0 %	100 %	0 %	0 %	387826725
76	NC_017406	TAA	2	6	2990	2995	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826725
77	NC_017406	TCT	2	6	3025	3030	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826725
78	NC_017406	ATT	2	6	3063	3068	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826725
79	NC_017406	TTTTCT	2	12	3073	3084	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	387826725
80	NC_017406	TCT	2	6	3130	3135	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826725
81	NC_017406	T	6	6	3214	3219	0 %	100 %	0 %	0 %	387826725
82	NC_017406	TTC	2	6	3258	3263	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826725
83	NC_017406	TCT	2	6	3321	3326	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826725
84	NC_017406	AG	3	6	3346	3351	50 %	0 %	50 %	0 %	387826725
85	NC_017406	ATA	2	6	3364	3369	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826725
86	NC_017406	AAT	2	6	3370	3375	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826725
87	NC_017406	T	6	6	3375	3380	0 %	100 %	0 %	0 %	387826725
88	NC_017406	GTT	2	6	3535	3540	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826725
89	NC_017406	T	7	7	3546	3552	0 %	100 %	0 %	0 %	387826725
90	NC_017406	TCT	2	6	3556	3561	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826725
91	NC_017406	A	6	6	3609	3614	100 %	0 %	0 %	0 %	387826725
92	NC_017406	TTGAA	2	10	3617	3626	40 %	40 %	20 %	0 %	387826725
93	NC_017406	A	7	7	3650	3656	100 %	0 %	0 %	0 %	387826725
94	NC_017406	ATT	2	6	3669	3674	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826725
95	NC_017406	TCT	2	6	3676	3681	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826725
96	NC_017406	TTC	2	6	3783	3788	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826725
97	NC_017406	TAT	2	6	3804	3809	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826725
98	NC_017406	T	6	6	3886	3891	0 %	100 %	0 %	0 %	387826725
99	NC_017406	CAC	2	6	3923	3928	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387826725
100	NC_017406	T	6	6	4028	4033	0 %	100 %	0 %	0 %	387826725
101	NC_017406	TTA	2	6	4157	4162	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826725
102	NC_017406	A	7	7	4191	4197	100 %	0 %	0 %	0 %	387826725
103	NC_017406	ACT	2	6	4212	4217	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826725
104	NC_017406	ATT	2	6	4245	4250	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826725
105	NC_017406	ATT	2	6	4254	4259	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826725
106	NC_017406	T	6	6	4268	4273	0 %	100 %	0 %	0 %	387826725
107	NC_017406	T	7	7	5276	5282	0 %	100 %	0 %	0 %	387826726
108	NC_017406	TAT	2	6	5329	5334	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826726
109	NC_017406	T	6	6	5342	5347	0 %	100 %	0 %	0 %	387826726
110	NC_017406	CT	3	6	5399	5404	0 %	50 %	0 %	50 %	387826726
111	NC_017406	TTA	2	6	5447	5452	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826726
112	NC_017406	AAT	2	6	5467	5472	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826726
113	NC_017406	T	8	8	5627	5634	0 %	100 %	0 %	0 %	387826726
114	NC_017406	TCT	2	6	5639	5644	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826726
115	NC_017406	CAT	2	6	5682	5687	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826726
116	NC_017406	TTA	2	6	5700	5705	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826726
117	NC_017406	TTAA	2	8	5738	5745	50 %	50 %	0 %	0 %	387826726
118	NC_017406	TCT	2	6	5777	5782	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826726
119	NC_017406	ATT	2	6	5792	5797	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826726
120	NC_017406	CT	3	6	5805	5810	0 %	50 %	0 %	50 %	387826726
121	NC_017406	TCA	2	6	5816	5821	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826726
122	NC_017406	T	7	7	5842	5848	0 %	100 %	0 %	0 %	387826726
123	NC_017406	T	8	8	5854	5861	0 %	100 %	0 %	0 %	387826726
124	NC_017406	C	8	8	6006	6013	0 %	0 %	0 %	100 %	387826726
125	NC_017406	T	6	6	6014	6019	0 %	100 %	0 %	0 %	387826726
126	NC_017406	T	7	7	6032	6038	0 %	100 %	0 %	0 %	387826726
127	NC_017406	TAT	2	6	6045	6050	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826726
128	NC_017406	CTA	2	6	6087	6092	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826726
129	NC_017406	TA	4	8	6100	6107	50 %	50 %	0 %	0 %	387826726
130	NC_017406	T	6	6	6116	6121	0 %	100 %	0 %	0 %	387826726
131	NC_017406	TTATAT	2	12	6714	6725	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826727
132	NC_017406	ATGA	2	8	6748	6755	50 %	25 %	25 %	0 %	387826727
133	NC_017406	ATA	2	6	6769	6774	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826727
134	NC_017406	GAAA	2	8	6791	6798	75 %	0 %	25 %	0 %	387826727
135	NC_017406	TTTA	2	8	6852	6859	25 %	75 %	0 %	0 %	387826727
136	NC_017406	TAGT	2	8	6869	6876	25 %	50 %	25 %	0 %	387826727
137	NC_017406	GCA	2	6	6877	6882	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826727
138	NC_017406	AAT	2	6	6926	6931	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826727
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140	NC_017406	AAT	2	6	7155	7160	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826728
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409	NC_017406	A	6	6	22238	22243	100 %	0 %	0 %	0 %	387826734
410	NC_017406	AAAAC	2	10	22288	22297	80 %	0 %	0 %	20 %	387826734
411	NC_017406	TGG	2	6	22345	22350	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826734
412	NC_017406	ATG	2	6	22362	22367	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826734
413	NC_017406	AATA	2	8	22391	22398	75 %	25 %	0 %	0 %	387826734
414	NC_017406	CTA	2	6	22415	22420	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826734
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418	NC_017406	CTTATT	2	12	24119	24130	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	387826735
419	NC_017406	AATTT	2	10	24132	24141	40 %	60 %	0 %	0 %	387826735
420	NC_017406	TCCA	2	8	24179	24186	25 %	25 %	0 %	50 %	387826735

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.